mecfs_bio.constants.regenie_constants

Column names emitted by regenie, as they appear in raw regenie summary-statistics files (e.g. the per-chromosome UKB-PPP files).

Attributes:

• REGENIE_A1FREQ_COL –
• REGENIE_ALLELE0_COL –
• REGENIE_ALLELE1_COL –
• REGENIE_BETA_COL –
• REGENIE_CHISQ_COL –
• REGENIE_CHROM_COL –
• REGENIE_GENPOS_COL –
• REGENIE_ID_COL –
• REGENIE_INFO_COL –
• REGENIE_LOG10P_COL –
• REGENIE_N_COL –
• REGENIE_SE_COL –

REGENIE_A1FREQ_COL module-attribute

REGENIE_A1FREQ_COL = 'A1FREQ'

REGENIE_ALLELE0_COL module-attribute

REGENIE_ALLELE0_COL = 'ALLELE0'

REGENIE_ALLELE1_COL module-attribute

REGENIE_ALLELE1_COL = 'ALLELE1'

REGENIE_BETA_COL module-attribute

REGENIE_BETA_COL = 'BETA'

REGENIE_CHISQ_COL module-attribute

REGENIE_CHISQ_COL = 'CHISQ'

REGENIE_CHROM_COL module-attribute

REGENIE_CHROM_COL = 'CHROM'

REGENIE_GENPOS_COL module-attribute

REGENIE_GENPOS_COL = 'GENPOS'

REGENIE_ID_COL module-attribute

REGENIE_ID_COL = 'ID'

REGENIE_INFO_COL module-attribute

REGENIE_INFO_COL = 'INFO'

REGENIE_LOG10P_COL module-attribute

REGENIE_LOG10P_COL = 'LOG10P'

REGENIE_N_COL module-attribute

REGENIE_N_COL = 'N'

REGENIE_SE_COL module-attribute

REGENIE_SE_COL = 'SE'